Проект Pharma Proteomics: Изыскания в мире плазменных протеомов
Проект Pharma Proteomics представляет собой уникальный биофармацевтический консорциум, который проводит исследование протеомных профилей плазмы более 54,000 участников UK Biobank. Этот проект имеет предконкурентный характер и направлен на глубокую характеристику белков, присутствующих в крови, что позволяет понять их связь с различными заболеваниями.
В рамках инициативы была проведена доскональная работа: от технических и биологических валидаций до анализа протеомных сигнатур заболеваний, а также построения моделей прогнозирования различных демографических и медицинских индикаторов. Наше исследование охватывает картирование количественных признаков белков (pQTL) для 2,923 белков, что привело к выявлению 14,287 генетических ассоциаций. Примечательно, что 81% из этих ассоциаций ранее не имели описания в научной литературе. Кроме того, мы провели картирование pQTL, которое учитывает этническое разнообразие и включает данные о неевропейских участниках.
Данное исследование позволяет обновить наше понимание генетической архитектуры плазменного протеома, принимая во внимание, как со временем изменяются темпы открытия pQTL в связи с увеличением размерностей выборки и расширением охвата протеомных исследований. Здесь представлены обширные данные о транс-pQTL, которые подчеркивают генетическое влияние на взаимодействия между лигандами и рецепторами, а также на нарушения в биологических путях, связанных с цитокинами и системами комплемента.
Ключевыми моментами работы являются дальнодействующие эпистатические эффекты группы крови ABO и статуса секретора FUT2 на белки, экспрессируемые в желудочно-кишечной ткани. Данные могут быть полезны для открытия новых лекарств, расширяя понимание генетически опосредованных эффектов таких белков, как PCSK9, и выявляя конкретные гены и белки, нарушенные в участках, связанных с восприимчивостью к COVID-19.
На следующем этапе проекта планируется масштабное исследование, в котором будет проанализировано 500,000 образцов крови, включая первоначальные образцы и последующие образцы от 100,000 участников, взятые через 15 лет. Как сообщает Клаудия Лангенберг, эпидемиолог из Лондонского университета королевы Марии, это позволит более детально изучить заболевания, которые часто «остаются незамеченными» в небольших исследованиях, такие как синдром поликистозных яичников, болезнь двигательных нейронов и некоторые виды рака почек и костей.
Исследование, опубликованное в журнале Nature, уже цитировалось более 400 раз, закладывая основы для лучшего понимания того, как и почему развиваются болезни. На сегодняшний день исследования, использующие эти данные, привели к достижениям в прогнозировании заболеваний и разработке будущих целенаправленных методов лечения рака груди, сердечно-сосудистых заболеваний, болезни Паркинсона и других заболеваний мозга.
Работа над первыми 300,000 образцами, включая 250,000 первоначальных и 50,000 дополнительных, займет около года. 14 фармацевтических компаний, среди которых такие гиганты, как AstraZeneca, Pfizer и GSK, уже предоставили финансирование для этого масштабного начинания.